マスタニさん、こんにちは。
マスタニさんの使用されているJwwToMFおよびJwwのverが不明
ですので何とも言えませんし、自分自身詳しくないので曖昧な
お話ですが、自分自身は今Jww-ver4.05a、JwwToMF-2.40にて
安定して使用させていただいております。
JwwToMF-2.60aにした場合について、No.59に発言しています
が、複数レイヤグループ表示時の縮尺に影響されている事が
あるように感じております。例えば、0グループを1/1縮尺と
して、作図したい部分を全て0グループに移動させてから作業
を行うと旨く行くかも知れません。
ちなみにJwwの5.0以降のsxf対応線種?の機能を使用しない状
態ならJww-5.0e→JwwToMF2.40でもうまく作業できるようで
す。また、かなり以前の経験ですが、なぜかうまく行かない
ときに、一旦EMF形式の画像ファイルとして保存後に他ソフト
で呼び込むとうまく行った経験があり、現在は常にこの方法
で作業しています。
以上、曖昧なお話ばかりで解決にならないかと思いますが
ご参考まで。。。

　

横路さん、連絡遅くなりました。
現在使用してるのはJwwのverは5.11eで、JwwToMFは2.60aです。

やってみましたが、上手くいきませんでした。
どなたか教えて頂けないでしょうか？
よろしくお願い致します。