JWWで範囲選択してコピーをし、
続いてJWWtoMFを立ち上げます。
表示された図をクリップボードにコピーして、
エクセルに貼り付けます。
表示は非常にきれいにいくのですが、
印刷すると薄くなってしまいます。
印刷するときの線を濃くしたいのですが、
JWWtoMFで設定できますでしょうか。
もしくはJWWのほうで設定が必要でしょうか。
教えてください。

　

こんにちは。JwwToMFのver等が解りませんので、とりあえず
一つの方法として。
1.設定
JwwToMFの全オプション設定の描画設定の出力画像サイズを
適切に設定（想定する画像の横幅cmに対して、cm/2.54×200
の数値にする・200dpiの画像になる)
同じく全オプション内のJww条件で、線幅を設定し、設定した
線色を有効し描画にチェックする
2.使用方法
Jww→JwwToMFに取りこんだあと、ファイル→画像データで
保存→EMF形式として任意ファイル名で保存。それをexcelの
挿入→図→ファイルから、で呼び出す

以上のような操作を参考に、いろいろ試してみてください。
自分の場合、これでほぼ目的の画質が得られています。